晉江市疾病預防控制中心是2005年4月經晉江市人民政府批準設立的公益性的事業單位，前身為晉江市衛生防疫站，位于晉江市青陽街道洪宅垵社區120號。
主要承擔傳染病、寄生蟲病和地方病、慢性非傳染性疾病等的預防與控制；突發公共衛生事件應急處置；疫情及健康相關因素信息管理；職業危害因素控制、食源性疾病預防與控制及公共營養；實驗室檢測與評價；健康教育與健康促進；技術指導與應用研究等。
中心人員編制92人，設有3個職能科室和10個業務科室，現有人員104人；其中在編員工84人，大專以上學歷78人，各類專業技術人員77人，其中職稱8人，中級職稱25人，。  
占地面積11483平方米，建有衛生檢測大樓和實驗綜合大樓各一幢，總建筑面積20041.6平方米，其中實驗室面積7500平方米。擁有液相色譜儀、氣質聯用儀、原子吸收分光光度計、離子色譜儀、原子熒光分光光度計、實時熒光定量PCR儀、全自動微生物鑒定系統、酶標儀、全自動生化分析儀、全自動血液分析儀、流式細胞儀、全自動蛋白印跡儀、熒光顯微鏡、P2實驗室、100級潔凈實驗室、PCR實驗室、培養箱、干燥箱、馬弗爐等重要儀器設備。現已掌握13類395項檢測技術，基本達到衛計委、國家發改委規定的縣級疾控機構檢測能力要求。于1998年通過實驗室資質認證（計量認證），2012年通過食品檢驗機構資質認定；具備HIV抗體初篩實驗室、HIV抗體確證實驗室、國家鹽碘實驗室等資格。