世界上常見(jiàn)的食品微生物檢查指標(biāo)有大腸菌群、菌落總數(shù)、致病菌、霉菌及其毒素和病毒等。當(dāng)前我國(guó)衛(wèi)生部頒布的食品微生物指標(biāo)有菌落總數(shù)、大腸菌群和致病菌3項(xiàng)。

        1、大腸菌群

        大腸菌群包括腸桿菌科的埃希氏菌屬，檸檬酸桿菌屬，腸桿菌屬和克雷伯菌屬 。它們均來(lái)自人或溫血?jiǎng)游锬c道，不形成芽孢，在電熱恒溫培養(yǎng)箱35－37℃條件下發(fā)酵乳糖產(chǎn)酸產(chǎn)氣的革蘭氏陰性桿菌。這些細(xì)菌是寄居于人及溫血?jiǎng)游锬c道內(nèi)的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數(shù)越多，說(shuō)明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛(wèi)生指標(biāo)來(lái)評(píng)價(jià)食品的質(zhì)量，具有廣泛的意義。

        2、致病菌

        致病菌即能夠引起人們發(fā)病的細(xì)菌。大腸菌群檢驗(yàn)呈陽(yáng)性，并懷疑食品可能受到致病菌污染時(shí)可進(jìn)行致病菌檢驗(yàn)。在我國(guó)現(xiàn)有的國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)中，致病菌一般指“腸道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙門(mén)氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、致病性鏈球菌等四種，致病菌不允許在食品中檢出。

        對(duì)不同的食品和不同的場(chǎng)合，應(yīng)選擇一定的參考菌群進(jìn)行檢驗(yàn)。如海產(chǎn)品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋制品以沙門(mén)氏菌菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類(lèi)食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、霉菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等。

        3、霉菌及其毒素

        我國(guó)還沒(méi)有制定出霉菌的具體指標(biāo)，鑒于有很多霉菌能夠產(chǎn)生毒素，引起食物中毒及其他疾病，故應(yīng)該對(duì)產(chǎn)毒霉菌進(jìn)行檢驗(yàn)。如曲霉屬的黃曲霉、寄生曲霉等，青霉屬的橘青霉、島青霉等，鐮刀霉屬的串珠鐮刀霉、禾谷鐮刀霉等。

        4、病毒

        微生物指標(biāo)還應(yīng)包括病毒，如肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，豬水泡病毒等

        5、其他

        從食品檢驗(yàn)的角度考慮，寄生蟲(chóng)也被很多學(xué)者列為微生物檢驗(yàn)的指標(biāo)，如旋毛蟲(chóng)、囊尾蚴、豬肉孢子蟲(chóng)、蛔蟲(chóng)、肺吸蟲(chóng)、弓形體、螨、姜片吸蟲(chóng)、中華分枝睪吸蟲(chóng)等。

        美國(guó)開(kāi)展的食品微生物檢驗(yàn)項(xiàng)目主要包括：需氧菌平板計(jì)數(shù)、糞大腸菌群、大腸埃希氏菌、凝固酶陽(yáng)性葡萄球菌、沙門(mén)氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌、單核細(xì)胞增生李斯特氏菌、創(chuàng)傷弧菌、肉毒梭菌、麻痹性貝類(lèi)毒素、神經(jīng)性貝類(lèi)毒素、遺忘性貝類(lèi)毒素以及組胺等。